Diez de los 11 ministros de la Suprema Corte de Justicia de la Nación se manifestó en favor de declarar que ni el gobernador del estado de México, Enrique Peña Nieto, ni el actual procurador General de la República, Eduardo Medina Mora, son responsables de las violaciones graves a las garantías que se registraron en la comunidad de Atenco, durante los operativos del 3 y 4 de mayo de 2006.
Por el contrario, la mayoría de integrantes de la Corte avalaron la actuación de dichos funcionarios porque estimaron que fue legítimo el uso de la fuerza pública para desalojar la carretera de Texcoco que mantenían bloqueada los manifestantes, para liberar a los servidores públicos que pobladores tenía retenidos y para restablecer el orden.
Sólo el ministro Genaro Góngora Pimentel solicitó que al gobernador y al procurador se les declarara responsables de la violencia ocurrida en Atenco “por la omisión de vigilar” lo que hicieron las fuerzas públicas.
Los otros 10 ministros, aunque con posiciones y argumentos diferentes, pidieron no responsabilizarlos de los abusos ocurridos en los enfrentamientos.