La Suprema Corte de Justicia de la Nación, oficializó su decisión de que no pueden ser señalados por grave violación de garantías el Gobernador Enrique Peña Nieto, el Procurador Eduardo Medina Mora, ni los funcionarios que autorizaron y planearon los operativos para sofocar los disturbios en San Salvador Atenco, en mayo de 2006.
Por tanto, sólo serán señalados como involucrados en la violación de garantías los comandantes y jefes de compañías y pelotones de la Agencia de Seguridad Estatal (ASE), y las policías Federal Preventiva (PFP) y Municipal que ejercieron tareas de supervisión en el lugar de los hechos durante los operativos, y los oficiales que directamente ejecutaron los abusos.
Por 8 votos contra 3, la Corte resolvió que tampoco se puede atribuir participación a Miguel Ángel Yunes, director del ISSSTE y entonces secretario del Sistema Nacional de Seguridad Pública; Humberto Benítez Treviño, Secretario de Gobierno del Estado de México; o Héctor Guevara, subsecretario de Gobierno Valle de México-Zona Oriente.
Todos estos funcionarios participaron con Peña y Medina Mora en una reunión por la tarde del 3 de mayo de 2006, en la que se autorizó el uso de la fuerza para desbloquear la carretera Texcoco-Lechería, rescatar a policías secuestrados por el Frente de Pueblos en Defensa de la Tierra y restablecer el orden.